Prueba de PCR en neumonía por Klebsiella pneumoniae

Para la caracterización de cepas de Klebsiella pneumoniae se usaron hemocultivos de pacientes que se sospechaba adquirieron el patógeno mencionado y se aplicaron dos técnicas de PCR: análisis por PCR de los elementos repetitivos intergénicos consenso de enterobacterias (ERIC) y elementos repetitivos extragénicos palindromos (REP), conocidas también como ERIC-PCR y REP-PCR, respectivamente, para el uso de estos tipos de PCR se procedió con los siguientes pasos:

1. Extracción de ADN genómico bacteriano de Klebsiella pneumoniae empleando el kit basado en columna de Sílica, QIAamp DNA extraction Kit (Qiagen).

2. Se realizó ambas PCR con el método del autor que consistía en:

    Para ERIC-PCR: 

    - 1 ciclo de 7 minutos a 95 ℃.

    - 30 ciclos de: 

       - Desnaturalización: 1 minuto a 94 ℃.

       - Hibridación: 1 minuto a 40 ℃.

       - Elongación: 8 minutos a 65 ℃.

    - 1 ciclo de extensión final de 16 minutos a 65 ℃.

   Para REP-PCR: 

    - 1 ciclo de 7 minutos a 95 ℃.

    - 30 ciclos de: 

       - Desnaturalización: 30 segundos a 90 ℃.

       - Hibridación: 1 minuto a 43 ℃.

       - Elongación: 8 minutos a 65 ℃.

    - 1 ciclo de extensión final de 16 minutos a 65 ℃.

3. Se usó la enzima de restricción Xbal, se buscaron los genes BLEE y bla.

4. La observación se la realizó por medio de electroforesis en gel de campo pulsado (PFGE)

5. Terminada la electroforesis, el gel se tiñó con una solución de bromuro de etidio durante 30 minutos; luego se realizó dos lavados con agua destilada durante 15 minutos cada lavado, y la imagen del gel fue registrada por el foto documentador Chemi Doc XRS.

La razón por la cual se usa este tipo de electroforesis, es porque este método es recomendado para la confirmación de brotes causados por Klebsiella pneumoniae. Esta investigación tenía como tema diagnosticar las diferentes cepas de Klebsiella pneumoniae, y entre sus objetivos disminuir y tratar las neumonías dadas por esta bacteria Gram-negativa. Tanto la especificidad como sensibilidad analítica no se especifica en los artículos que busqué.

Links de referencia:
- http://www.scielo.org.pe/pdf/rmh/v24n2/v24n2ao1.pdf
- https://scielo.conicyt.cl/pdf/rci/v30n4/art04.pdf
- http://www.medigraphic.com/pdfs/micro/ei-2014/ei143d.pdf
- http://www.scielo.org.co/pdf/bio/v35n4/v35n4a07.pdf

Fig. 1. Reacción en Cadena de Polimerasa

Fig. 2. Pasos de la Reacción en Cadena de Polimerasa

Fig. 3. Uso de los primers para la amplificación de genes y EFO en la PCR

Fig. 4. Caracterización de las cepas de Klebsiella pneumoniae